เมื่อประมาณกว่า 100 ปีที่ผ่านมา บริเวณพื้นที่ของตำบลศีรษะจรเข้น้อย โดยเฉพาะลำคลองจรเข้ที่ผ่านพื้นที่ตำบลศีรษะจรเข้น้อยถึงตำบลศีรษะจรเข้ใหญ่ จะมีจระเข้อาศัยอยู่ในลำคลองเป็นจำนวนมาก เนื่องจากพื้นที่ในสมัยก่อนมีน้ำเค็มท่วมถึง ผู้อาวุโสเล่าว่ามีจระเข้ซึ่งเป็นซากที่นอนตายอยู่ในดินลึก ประมาณ 1 เมตร เพราะสาเหตุนี้จึงได้มีการตั้งชื่อว่า "ตำบลศีรษะจรเข้น้อย"
